Как удалить файл из истории Git?

Сначала делаем:

git filter-branch --force --index-filter \
'git rm --cached --ignore-unmatch <myfile>' \
--prune-empty --tag-name-filter cat -- --all

Заменив <myfile> на название файла который необходимо вычистить из репозитория.

Данную команду необходимо выполнить в корне репозитория.

Если необходимо удалить не один файл, а каталог, то добавляется ключ -r

git filter-branch --force --index-filter \
'git rm -r --cached --ignore-unmatch <myfile>' \
--prune-empty --tag-name-filter cat -- --all

Затем:

git push origin --force --all
git push origin --force --tags